《塞尔达传说 梅祖拉的假面》的情节是一个分支的路线，更像是林克的觉醒。对于很多玩家来说，赛尔达公主并没有在游戏中真正的出现过，而三角力量也又一次地明显的缺席。但是游戏中，主角却有着迥然不同的冒险经历，梅祖拉的假面是在固定的地方度过了所有的游戏流程。同样这个游戏故事就发生在时之笛的冒险结束后。