在皇帝带领下，帝国军四处侵略，他们破坏了主角们的家乡，并且主角之一的雷恩哈特被皇帝抓走。之后主角菲力欧尼尔等人在与帝国军暗地里对抗的原菲因城的起义军一起作战，先后取得兵器矿石米斯里鲁，炸毁大战舰，取得究极魔法，期间牺牲了数个战友，最后4人奋力杀进皇帝的大混乱城，消灭了引起战乱的罪魁祸首——皇帝。

制作团队
史克威尔艾尼克斯由株式会社“史克威尔”（SQUARE SOFT）和株式会社“艾尼克斯”（ENⅨ）在2003年（平成15年）4月1日合并而成立。（合并前SCEI对史克威尔提供了临时的支援，关于DigiCube的破产后述）。两家公司的代表作分别是《最终幻想》和《勇者斗恶龙》。